11 июня арбитражный суд Москвы удовлетворил заявление МНС об отводе судьи Натальи Чебурашкиной, рассматривающей дело по иску ЮКОСа о признании незаконным решения министерства от 14 апреля 2004 г.
Ранее 11 июня представитель МНС заявил отвод судье, обосновав это тем, что она "заинтересована в исходе дела и предвзято относится к министерству". Это было сделано на заседании арбитражного суда Москвы, на котором началось заседание по рассмотрению иска компании ЮКОС к МНС о признании недействительным решения министерства о выплате налогов, пеней и штрафов на общую сумму более 99 млрд рублей.

19 мая арбитражный суд Москвы приостановил действие решения МНС, после чего министерство подало ходатайство. Затем арбитражный суд удовлетворил иск МНС к компании. 1 июня арбитражный суд Москвы оставил в силе определение от 19 мая, приостанавливающее исполнение решения МНС о привлечении ЮКОСа к налоговой ответственности.