Комиссия МАП России в сентябре 2002 года вынесла решение о признании действий ФКЦБ России, нарушающих антимонопольное законодательство. ФКЦБ, по мнению МАП, нарушила постановления в части ужесточения требований к регистраторам по числу эмитентов и в части ужесточения требований по нормативам достаточности собственных средств, нарушающими статью 12 Федерального закона "О защите конкуренции на рынке финансовых услуг", а именно препятствующими деятельности финансовых организаций на рынке финансовых услуг и устраняющими финансовые организации с рынка финансовых услуг. Комиссия выдала предписание ФКЦБ России устранить нарушение антимонопольного законодательства.
ФКЦБ России при обжаловании этого решение в суде, утверждала, что МАП России не вправе выносить решения и предписание по нормативным актам принятым органами власти.
Однако статьей 12 Закона о конкуренции предусмотрено, что федеральные органы исполнительной власти, Центральный банк РФ не вправе принимать нормативные правовые акты, ограничивающие конкуренцию на рынке финансовых услуг, отметили в пресс-службе МАП России, напомнив, что указом президента от 17.05.2000 № 867 ФКЦБ включена в структуру федеральных органов исполнительной власти. Таким образом, ФКЦБ России является субъектом антимонопольного законодательства, и не вправе принимать акты, направленные на ограничение конкуренции на рынке финансовых услуг.
Кассационная инстанция Федерального арбитражного суда Московского округа признала доводы МАП России обоснованными и отправила дело на новое рассмотрение, отменив решения первой и апелляционной инстанций Арбитражного суда Москвы, вынесенных в пользу ФКЦБ.